Setiap lembaga pendidikan memiliki visi, misi, dan tujuan. Visi dan misi menjadi standar dan acuan dalam kegiatan pendidikan yang dilakukan di lembaga pendidikan tersebut, sehingga kemudian lembaga tersebut selalu berupaya mewujudkan visi dan misi yang telah ditetapkan melalui berbagai kegiatan pendidikan, baik intra maupun ekstra. Madrasah sebagai salah satu lembaga pendidikan yang bercirikan Islam, tetap konsisten mempertahankan nilai-nilai Islami dalam proses pendidikan dengan tujuan untuk menghasilkan out put pendidikan yang tidak hanya memiliki kompetensi kognitif yang baik, tetapi lebih dari itu, mampu mengamalkan nilai-nilai Islam melalui perilaku yang baik. Demikian halnya dengan Madrasah Aliyah Negeri 1 Bekasi, terus berinovasi agar terwujud madrasah yang baik dan mampu bersaing dengan sekolah-sekolah lain. Adapun visi dan misi Madrasah Aliyah Negeri 1 Bekasi dapat dilihat berikut ini.
Terwujudnya insan terdidik yang unggul dalam IMTAK (iman dan takwa), IPTEK (ilmu pengetahuan dan teknologi) dan kemandirian.
Adapun indikator Visi Madrasah Aliyah Negeri 1 Bekasi adalah sebagai berikut:
Untuk mencapai visi tersebut, Madrasah Aliyah Negeri 1 Bekasi mengembangkan misi memberikan layanan pendidikan tingkat menengah atas bertaraf nasional sesuai syariah dan teknologi informasi dalam mempersiapkan siswa yang unggul dalam kompetisi global. Adapun misi tersebut dirinci sebagai berikut :
Tujuan madrasah sebagai bagian dari tujuan pendidikan nasional adalah meningkatkan kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia, serta keterampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut. Secara lebih rinci tujuan MA Negeri 1 Bekasi adalah memiliki keunggulan dalam hal :